Para instalar un hd de mas de 2Tb hay que crear una tabla de particiones en GPT, para ello lo mejor es arrancar el pc con el Hirens Boot CD y bootear el Gparted.
Una vez arrancado el sistema Gparted, abrimos la aplicacion y seleccionamos el hd que corresponda. En el menu "device" pinchamos en crear tabla de particiones y nos dice que por defecto esta ms-dos, pero desplegamos y seleccionamos GPT. Una vez creada la tabla ya podemos crear la particion.
Para crear la particion, seleccionamos el mismo hd y le damos a new partition, eligiendo el sistema de archivos (XFS en mi caso) y particion primaria.
Aplicamos los cambios y ya esta nuestro disco de mas de 2Tb disponible.
Ahora solo nos queda añadir en el fstab para montarlo al arranque.